V okviru javne službe opravlja zavod z zakonom in sklepom o ustanovitvi več dejavnosti, med katerimi so skrb za vzdrževanje, obnavljanje in zavarovanje spomenikov in znamenitosti na območju parka, stalno spremljanje in analiza stanja naravnih vrednot in kulturne dediščine v parku, usklajevanje raziskovalnih nalog v zvezi s parkom ter organizacija raziskovalnega dela, sodelovanje pri mednarodnih projektih, skrb za javno predstavitev parka, izvedba in organizacija izobraževanja, priprava in vzdrževanje poti in označb v parku, sodelovanje z lastniki posameznih spomenikov v parku strokovna pomoč in svetovanje, vzdrževanje jamske infrastrukture za obisk jam in opravljanje vodniške službe po parku in jamah ter vodenje informacijskega centra.
Cilji delovanja parka so razdeljeni na sklope in sicer na (1) varstvene, (2) razvojne, (3) širše. Posebej izpostavljeni so cilji (4) izobraževanja in (5) monitoringa. Pri ciljih varstva so opredeljeni cilji ohranjanja naravnih vrednot, narave in okolja ter kulturnih spomenikov in kulturne dediščine. Pri ciljih razvoja pa cilji razvoja dejavnosti za potrebe lokalnega prebivalstva, dejavnosti parka, varnosti obiskovalcev in delavcev. Širši cilji zajemajo razvoj dejavnosti v vplivnem območju parka.
- Cilji varstva posegajo na področja varstva narave, ohranjanja kulturne krajine in kulturne dediščine ter upravljanja kulturnih spomenikov. Cilje varstva narave lahko opredelimo kot pasivne, saj zajemajo ohranjanje obstoječega stanja. Cilje varstva okolja, ohranjanja kulturne krajine in nekaterih rastlinskih in živalskih vrst ter kulturnih spomenikov pa štejemo med aktivne. Mednje se uvrščajo kmetijstvo, gozdarstvo, druge dejavnosti, s katerimi se vzdržuje kulturno krajino ter območja naselbinskih in kulturnih spomenikov.
- Cilje razvoja določajo naravne vrednote in njihovo zavarovanje ter trajnostna raba kulturne dediščine. Pri tem sta najpomembnejši primerna – sonaravna turistična dejavnost in rekreacija oziroma njene oblike (samostojno, vodeno), vrste (tipi rekreacije) in kraji izvajanja. Cilji razvoja vasi temeljijo na vzpostavljanju in vzdrževanju trajnostnega ekonomskega, socialnega in kulturnega razvoja, na ohranjanju kmetijske dejavnosti znotraj parka ter spodbujanju vlaganj v širjenje turistične ponudbe v vaseh.
- Širši cilji: za omejitev dejanskih virov onesnaževanja in drugih posegov v okolje, ki pomenijo tveganje ali nevarnost za okolje v vplivnem območju parka in katerih škodljivi vplivi segajo v park (industrija, obrt, kmetijstvo, infrastruktura, vojaški objekti in druge naprave ter druge okolju škodljive dejavnosti)
- Cilji izobraževanja, sem spadajo cilji Izobraževanja zaposlenih, Izobraževanje in ozaveščanje domačinov, prostovoljnih naravovarstvenikov, pedagoških delavcev domačih in tujih obiskovalcev, ter dijakov in študentov.
- Cilji monitoringa, in sicer spremljajna stanja v sistemu Škocjanskih jam kot tudi na površju parka.