Prvi pisni viri o Škocjanskih jamah izvirajo že iz 2. stoletja pred našim štetjem. Tudi J. V. Valvasor l.1689 opisuje ponor Reke in njen podzemeljski tok. V devetnajstem stoletju so pričeli načrtne raziskave Škocjanskih jam in leta 1890 prišli do Mrtvega jezera.
Zadnji večji dogodek je bilo odkritje Tihe jame 1904. leta, do nje so preplezali domačini prek 60 m visoke stene iz Müllerjeve dvorane. Naslednji večji dogodek se je zgodil leta 1990, skoraj 100 let po odkritju Mrtvega jezera. Slovenski potapljači so preplavali sifon Ledeni dihnik in odkrili več kot 200 m novih jamskih rovov.
Zgodnja prisotnost človeka v jamah na škocjanskem krasu se kaže v arheoloških najdbah iz bakrene in zgodnje bronaste dobe izpred 5000-3700 let (okvirno med 3000 – 1700 pr. n.š.).
Od antike do Valvasorja
Prvi pisni viri o Škocjanskih jamah izvirajo iz antike. Pozidonij iz Apameje (živel 135–50 pr. Kr.) je zapisal: »Reka Timava priteka z gora, pada v brezno (to je v Škocjanske jame – opomba avtorja) in potem, ko preteče pod zemljo okoli 130 stadijev, izvira ob morju.« Škocjanske jame so označene že na najstarejših tiskanih zemljevidih tega dela sveta, kot sta karta Laziusa - Orteliusa iz leta 1561 ali Mercatorjev Novus Atlas iz leta 1637. Seveda tudi Valvasor ni mogel mimo tako pomembnega pojava. V Slavi vojvodine Kranjske (1689) je priobčil prikaz ponora Reke in podrobneje obravnaval njen podzemeljski tok. Da so tudi v 18. stol. šteli jame med najpomembnejše znamenitosti tržaške okolice, dokazuje naročilo nekaj vedut francoskemu slikarju F. Cassasu (1782). Njegove slike pričajo, da so ljudje že takrat obiskovali dno Velike doline.
Začetek jamskega turizma
Težko pa je določiti, kdaj se je začel »pravi turizem« v Škocjanskih jamah. Po starejših navedbah v literaturi je dal deželni svetnik Matej Tominc (po njem se imenuje Tominčeva jama) 1819. narediti (po drugih virih popraviti oziroma obnoviti) stopnice do dna Velike doline. Ob tej priložnosti so 1. januarja 1819 pričeli voditi vpisno knjigo obiskovalcev. Ta datum brez dvoma lahko štejemo za začetek sodobnega turizma v Škocjanskih jamah.
Raziskave jam po letu 1800
V devetnajstem stoletju so se lotili raziskav Škocjanskih jam in jih do konca stoletja končali. Prva spodbuda za raziskovalce, da so skušali slediti teku Reke v podzemlje, je bilo iskanje vode za oskrbo Trsta. Tako so na eni strani raziskovali globoka brezna po Krasu, na drugi pa Škocjanske jame in s tem sledili Reki. Tega se je 1839. z vso resnostjo lotil Jakob Svetina, mojster za vodnjake iz Trsta, in 1840. dosegel tretji slap, približno 150 metrov od zadnjega ponora Reke, v Veliki dolini. Naslednje raziskave je med letoma 1851 in 1852 vodil Adolf Schmidl s skupino idrijskih rudarjev z Ivanom Rudolfom na čelu. Prodrli so slabe pol kilometra daleč, do četrtega, morda celo šestega slapa. Tam jim je nenadoma narasla Reka odnesla orodje in vse tri čolne, s čimer se je končalo tudi njihovo delo.
Začetek sistematičnih raziskav
Prelomnica v raziskovanju Škocjanskih jam je bila ustanovitev jamarskega odseka pri Primorski sekciji Nemškega in avstrijskega planinskega društva v Trstu leta 1884. Še istega leta je Primorska sekcija dobila v zakup Škocjanske jame. Pod vodstvom »jamskega triumvirata« (Anton Hanke, Josip Marinitsch, Friedrich Müller) in s pomočjo domačinov (Jože Antončič, Jurij Cerkvenik - Gomboč, Franc Žnideršič, Pavel Antončič, Jože Cerkvenik, Janez Delez) so se lotili sistematičnega prodiranja ob reki in raziskovanja jam. V prvem letu delovanja so že premagali šesti slap, »ključni problem raziskovanja«, 1887. štirinajsti slap v Hankejevem kanalu, 1890. so odkrili Martelovo dvorano in 5. oktobra istega leta dosegli breg Mrtvega jezera, slabih 1700 m daleč od Cerkvenikovega mosta ob vstopu v Hankejev kanal. Zadnji večji dogodek je bilo odkritje Tihe jame leta 1904 - do nje so priplezali štirje domačini prek 60 metrov visoke stene iz Müllerjeve dvorane. S tem je bilo, vsaj za takrat, odkrivanje škocjanskega podzemlja končano.
Novejša odkritja
Skoraj sto let ni bilo nobenih pomembnejših jamarskih raziskav ali odkritij, dokler ni 15. septembra 1991 slovenskima jamarjema potapljačema, Janku Brajniku in Samu Morelu, uspelo preplavati sifona v Marchesettijevem jezeru tik pred Mrtvim jezerom. Za sifonom sta odkrila nove velike rove s podzemeljsko reko in jezeri. S tem pa se odpira novo poglavje: prodreti vzdolž podzemeljske Reke do slab kilometer oddaljenih rovov Kačne jame, skozi katere se prav tako pretaka podzemeljska Reka.
Kronologija raziskav
Kronologija raziskovanja podzemlja Škocjanskih jam in izvirov Timave
4300 - 2400 pr.n.št. Poselitev Tominčeve jame, Ozke špilje Človeška bivališča (arheološke najdbe)
4. stol. pr.n.št. Pisni viri Pseudoskilaks
135 – 50 pr.n.št. Pisni viri Pozidonij
1599 Prvi sledilni poizkus Imperato
1815 Mahorčičeva jama Eggenhofer
1839 Rudolfova dvorana Jakob Svetina
1851 Müllerjeva dvorana Adolf Schmidl, Ivan Rudolf
1888 Prvi zemljevid jame Anton Hanke
1890 Mrtvo jezero (sifon) A. Hanke, F. Müller, J. Marinič, P. Antončič, brata Cerkvenik
1904 Tiha jama Anton, Franc in Jože Cerkvenik, Jože Nedoh
1991 Odkritje novih delov jame, za Mrtvim jezerom Janko Brajnik, Samo Morel