Les dolines d’effondrement et les alentours sont habités par des oiseaux rares et menacés, dont plusieurs espèces de chauve-souris, et constituent un écosystème exceptionnel conditionné par des caractéristiques géomorphologiques et micro-climatiques. Dans le souterrain, on trouve nombre d'animaux cavernicoles qui vivent sur la terre ferme ainsi que dans l'eau.
C’est Marchesetti qui, déjà en 1887, a contribué une description botanique des Grottes de Škocjan pour le guide sur cette curiosité naturelle. Dans les dolines profondes, les phytogéographes ont été surpris par de nombreuses espèces caractéristiques plutôt des zones alpines plus froides, alors que dans leur proximité, ils ont observé aussi de nombreuses espèces subméditerranéennes qui préfèrent des températures plus chaudes. Le Parc est l’habitat de certaines espèces endémiques, rares ou menacées, comme l’orobanche du lierre, une espèce de campanule (Campanula justiniana), etc.

La particularité exceptionnelle de la flore dans la Grande doline, c’est que les plantes qui sont des vestiges (reliques) des époques passées apparaissent relativement près l’une de l’autre. Les reliques glaciaires (des vestiges de la flore de la période glaciaire), comme l’auricule et la saxifrage incrustée, sont concentrées au fond de la doline d’effondrement justement au-dessus de la perte de la Reka. Quelque 40 mètres plus haut, sur le plafond de l'entrée dans la Salle de Schmidl, on trouve des reliques thermophiles, comme les cheveux-de-Vénus et la mousse Tortells flavovirens. Que les espèces végétales si différentes croissent dans le même endroit est un phénomène très rare dans la nature.
Parmi les oiseaux dans la Grande doline et la Petite doline, nous pouvons voir les pigeons bisets qui nous survolent et nichent sous la voûte même des salles d’entrée. On y trouve aussi des nids d'une colonie des martinets à ventre blanc moins connus. Les parois rocheuses des dolines offrent un abri périodique et un endroit à nicher au grand duc, au faucon pèlerin et au corbeau. Les parois abruptes sont, en hiver, le refuge des tichodromes échelettes de couleurs variées. L’entrelacement d’habitats divers dans le Parc se traduit par la présence de nombreuses espèces d’oiseaux de forêt et de prés.
Dans les grottes, on trouve de grandes colonies de chauves-souris, comme le minioptère de Schreibers qui migre entre les Grottes de Škocjan et la grotte de Predjama, et le vespertilion de Capaccini qui est, lui aussi, assez nombreux dans les Grottes de Škocjan.

la vie dans le souterrain
Quelles sont les conditions de vie dans le souterrain?
Le souterrain, ce sont les ténèbres. Personne n’y voit rien. Ce qui a encore d’autres conséquences : il n’y a pas non plus de plantes chlorophylliennes qui, à la surface, produisent la nourriture organique. La nourriture vient dans le souterrain seulement sous forme de restes organiques de la surface, et ce en petites portions. Ainsi, le souterrain est très pauvre en nourriture. Mais un endroit si fermé a aussi son bon côté. Il est erroné de croire qu'il fait froid dans les grottes ; certes, il n'y a pas d'été, mais il n’y a pas d'hiver non plus, et la température est stable et moyenne. Et l'air est toujours humide ce qui est très favorable aux animaux.
Qui et quoi vit dans le souterrain?
A cause de ces conditions de vie, la faune dans le souterrain est certainement plus pauvre qu’à la surface et tous les animaux terrestres sont menus et atteignent rarement un centimètre de longueur. On y trouve de nombreux coléoptères, comme le cafard Anophthalmus hitleri et les Leiodidae et les membres encore plus petits de la même famille. Il y a relativement beaucoup d’espèces d’araignées et de pseudoscorpions, et l’animal troglobie le plus souvent remarqué est le Titanethes albus d’une blancheur de neige.
Les conditions sont similaires dans les eaux souterraines, mais celles-ci sont habitées par le protée « géant » pouvant atteindre plus de 20 cm de longueur. D’ailleurs, ce sont les différentes espèces d’écrevisses (les copépodes d’un millimètre de long, les isopodes et les amphipodes d’un centimètre de long) qui prédominent dans les eaux.
Là où la Reka entre dans les Grottes de Škocjan, on trouve dans l’eau des oligochètes, des petits cyclopodes ainsi que des larves de nombreuses espèces d’insectes, surtout des éphémères et des chironomidés. Ces animaux supplantent les animaux cavernicoles proprement dits.
Les dépôts et le guano sont pleins d'acariens, de collemboles, d'araignées troglophiles et des sauterelles Troglophilus cavicola. En filtrant les eaux pluviales dans les parties d'entrée des Grottes de Škocjan, on a découvert 23 espèces de petits copépodes d’un millimètre de long.
Les conditions géographiques et historiques sont à l'origine du fait que c’est ici, dans notre Karst, dans la zone large de Postojna, que la recherche de la faune et de la flore souterraines a commencé. Le premier troglobie qui a fait l'objet d'une description scientifique a été le Proteus anguinus en 1758. Il a été suivi par le coléoptère Leptodirus hochenwartii en 1832. Ailleurs, les nouvelles espèces n’ont été découvertes que plus tard.
On sait aujourd'hui que la Slovénie, avec environ 200 espèces, a l’une des plus riches faunes cavernicoles terrestres, et avec ses 200 espèces aquatiques, une faune troglobie aquatique qui est de loin la plus riche au monde – bien sûr, au niveau des zones de superficie similaire. Saurons-nous protéger ce patrimoine?