Pokrajina na območju parka Škocjanske jame je privabljala človeka že od pradavnine in je izredno bogata z arheološkimi najdišči. Arhaičnost tega prostora se izraža tudi v ohranjeni srednjeveški tlorisni zasnovi vasi Škocjan in njeni legi na velikem naravnem mostu pod katerim je reka Reka izdolbla Mahorčičevo in Mariničevo jamo. Ta lega ni naključje. Škocjan naj bi bil poseljen že v prazgodovinski dobi, nedvomno pa v antiki. Ime dobi, tako kot jame, po sv. Kancijanu, kateremu je, poleg tukajšnje, posvečenih še 22 cerkva na slovenskem narodnostnem ozemlju ob vodnih tokih, izvirih in ponorih. Prvotno gotska cerkev je bila v 17. stol. razširjena, tako da je dobila še dve stranski ladji ter nov prezbiterij. Samostojno stoječ zvonik oglejskega tipa je leta 1858 zamenjal zvonik na zvončnico. Vas se je razvila okoli te cerkve in se naslonila na danes delno ohranjeno taborno obzidje znotraj katerega leži. Sestavljena je iz gruče stavb, ki se v dveh nizih odpirata od cerkve na obe strani. V kraške domačije zaprtega tipa so se tako lahko razvile zgolj hiše ob koncih nizov. Danes v vasi prevladujejo stavbe iz 19. in 20. stol. Moč je videti lep primer v skalo vklesanega vaškega vodnjaka v katerega se zbira deževnica s streh okoliških hiš in vaški kal, ki je služil kot zbiralnik deževnice za napajanje živine. Do petdesetih let 20. stol. je bil Škocjan znan po številnih obrtnikih (trije kovači, kolar, mizar, dva krojača, dve šivilji, babica, kamnosek in gostilničar), bil je cerkveno središče s kaplanijo in šolo (1865–1962). Danes vas skoraj sameva, a med sezono zaživi med drugim z obiskovalci dveh stalnih muzejskih postavitev. Etnološka postavitev v J'kopinovem skednju predstavlja pridobivanje žita in njegovo uporabo iz časa ornega poljedelstva. Pritlični objekt je krit z rženo slamo in je posebnost, ki je iz teh krajev povsem izginila. V obnovljenem Jurjevem hlevu je predstavljena fantastična zgodba o odkrivanju Škocjanskega jamskega spleta od začetka 19. stol. naprej. Številni domači raziskovalci Škocjanski jam so zakopani na vaškem pokopališču. Tu najdemo tudi grob raziskovalca Antona Hankeja.

V kotanji pod Škocjanom je iz posameznih stavbnih enot zraslo gručasto naselje. Po lokalnem ustnem izročilu iz druge polovice 19. stol. naj bi bila prva domačija v Betanji Betančeva, ki ji pri poznejši delitvi zemljišč v vasi pripade največji delež. Izročilo še pravi, da so si vaščani po opravljeni delitvi svoje posesti obzidali. Danes v Betanji prevladujejo zaprte, s kamnitimi zidovi obdane stavbe kraškega tipa iz 19. in 20. stol. z vodnjakom (nar. štirno) sredi dvorišča (nar. borjača), ki se navzven odpira s kamnitim portalom (nar. kalono). Na stanovanjskem poslopju Betančeve domačije se je ohranila kritina iz škrl, tj. klanih plošč iz slojevitega apnenca, ki je v zgodovini na Krasu nadomestila slamo, saj je bila trajnejša in ognjevarna.

Iz Betanje se pot spusti do reke Reke, ki je včasih živela posebno življenje. Kraški človek je ob Veliki vodi postavil mline in žage ter dolino pred ponorom poimenoval dolina mlinov. Drugi od ponora je, na desnem bregu v rokavu speljanem za jezom v Malnih, še do sredine 20. stol. delujoč mlin iz 19. stol., ki ga je nazadnje imel v najemu Žnidaršič iz Betanje. Celoten kompleks je bil sestavljen iz mlina (4 pari kamnov in 6 gonilnih koles), preko brvi povezanem s poslopjem s stopami za ječmen, hleva za krmljenje in počitek živine, ki je pripeljala žito v mlin (nar. mišnik), ter mlinarjeve domačije sestavljene iz štirih stavb (gospodarsko in stanovanjsko poslopje, svinjak, hlev za konje). Z delovanjem je ta mlin prenehal zaradi poplavljanja in zmanjšanega obsega dela ter propadel.

Danes največje naselje ožjega zavarovanega območja, izhodišče za ogled Škocjanskih jam, Matavun se je razvilo okrog dveh cest, kot središčnih oseh naselja ob katerih je največja koncentracija domačij. Vas je v prvi polovici 19. stol. štela štiri domačije, tj. štiri družine, ki so imele po šest do sedem članov. Vaščani so se, kot pretežno v vseh okoliških vaseh, ukvarjali izključno s kmetovanjem. Pridelke, ovčji sir, seno in drva so prodajali v Trstu, da so si v zameno lahko kupili sol, olje in druge potrebščine. V prvi polovici 20. stol. sta v Matavunu delovali dve gostilni – Jan'z'va in Nant'va. Prva je za svoje potrebe hlajenja pijače pod senikom imela vkopano še obstoječo ledenico za shranjevanje ledu. Led se je pozimi nalomilo v bližnjem kalu, zložilo v pripravljen podzemni prostor ter prekrilo z bukovim listjem. Tako je zdržal do konca poletja. V drugi polovici 20. stol. je Matavun štel enajst domačij, tj. enajst družin s štirimi ali petimi člani, kmetovanje naj bi bilo skromno, domačini pa v službi v Divači, Sežani in na Kozini. Danes je podobno, le prebivalcev je več. V dveh, ogleda vrednih obnovljenih kulturnih spomenikih, ki pričata o bivanjski kulturi tega območja še v prvi polovici 20. stol., so danes urejene prenočitvene kapacitete za obiskovalce parka.

Poseben pečat pokrajini na zavarovanem območju poleg cerkve sv. Kancijana s svojim zvonikom daje še grad na Školju, eden izmed ohranjenih nekoč devetih srednjeveških gradov v dolini reke Reke, ki je kot naravna, politična in kulturna meja skozi vso zgodovino ločevala severne predele od primorskih. Školj stoji na skali, ki strmoglavlja v reko. Sprva je skupaj s patriarhat, toda v resnici so bili nesporni gospodarji devinski grofi, pozneje pa njihovi dediči Walseejevci. Po izumrtju devinske Walseejevske veje leta 1483, tukajšnje fevde podedujejo avstrijski vojvode, ki Školj zaupajo poveljnikom Ravbarjem. Na gradu so živeli do leta 1600, ko postane last barona Francesca Rosettija.