Jamo je oblikovala ponikalnica Reka, ki zbere večino vode na nepropustnih flišnih kamninah. Njen srednji pretok pred ponori je 8,95 m3/s, ob izjemnih poplavah do okrog 387 m3/s. Po močnih padavinah Reka v jami poplavlja, običajne poplavne vode sežejo v jami do 30 m visoko, najvišje znane pa so dvignile raven vode za 132 m.

Reka teče od Škocjanskih jam skozi kraško podzemlje proti približno 35 km oddaljenim izvirom Timave na italijanski strani. Njen tok je v glavnem neznan, doseči ga je mogoče le v maloštevilnih globokih breznih (do 320 m), v katerih pa nam pritočni in odtočni sifoni onemogočajo nadaljnje odkrivanje vzdolž skrivnostnih podzemnih kanalov.

Domnevamo, da je Reka pred pleistocenom (trajal je okoli 2 milijona let) tekla po površju s flišnega sveta prek Krasa proti morju. Zaradi zakrasevanja je postopoma prehajala v podzemlje, na začetnem delu apnencev pa je vrezovala sotesko, kar potrjujejo rečne terase. Tudi v jami je mogoče slediti postopnemu zniževanju rovov, po katerih je tekla Reka. Najbolje ohranjen višji (najstarejši) nivo je del jam, po katerih danes deloma vodijo turiste: Czoernigova jama, Brihta jama, Okno (Miklov skedenj), Dvorana ponvic, Tiha jama. Na malo nižjem (mlajšem) nivoju - takrat naj bi Reka ponikala v udorni vrtači Sapendol pod vasjo Gradišče - sta nastali Tominčeva jama in Schmidlova dvorana. Čeprav je Reka ponikala na različnih mestih, se je globlje pod zemljo držala bolj ali manj istega rova – današnjega Hankejevega kanala – in ga poglabljala, zaradi česar so nastali tako veliki podzemeljski prostori.