Le grotte di Škocjan sono state scavate dal Reka, un fiume che drena la maggior parte delle sue acque da superfici impermeabili di tipo Flysch. Il suo flusso medio č in corrispondenza degli inghiottitoi di 8,95 metri cubi al secondo, ma in casi di piena eccezionale esso raggiunge addirittura i 387 metri cubi al secondo. A seguito di forti precipitazioni il Reka allaga le grotte, il livello consueto delle acque raggiunge i 30 metri di dislivello, i dislivelli massimi sinora registrati hanno toccato i 132 metri.

Il Reka prosegue il suo corso sotterraneo oltre le Grotte di Škocjan per circa 35 chilometri fino alle risorgive del Timavo in territorio italiano. Il suo andamento rimane in gran parte ignoto, benché le acque ne siano state in pochi casi individuate sul fondo di alcuni abissi (fino a 320 m di profonditĹ•), nei quali tuttavia i sifoni di afflusso e di deflusso hanno sinora impedito l’esplorazione delle cavitĹ• che ne compongono l’alveo.

Nonostante il Reka abbia nel tempo variato il punto di immersione nel sottosuolo, una volta imboccato il corso ipogeo, tese a confluire in un’unica galleria - l’odierno Canale di Hanke - e di conseguenza ad approfondirla, dando cosě origine ad un complesso ipogeo di dimensioni cosě vaste.