Questa posizione non e una coincidenza. Škocjan fu presumibilmente abitato gia in epoca preistorica e certamente nell'antichita. Il paese prende il nome (cosi come le grotte) da Sv. Kancijan, al quale sono dedicate, oltre a quella locale, altre 22 chiese sul territorio nazionale sloveno presso corsi d'acqua, sorgenti e inghiottitoi. L'originaria chiesa gotica fu ampliata nel XVII secolo con due navate laterali e un nuovo presbiterio. Nel 1858 il campanile a vela fu rimpiazzato dal campanile a sé stante in stile di Aquileia. Il paese si sviluppo intorno a questa chiesa e si appoggio sulle mura della fortificazione medievale, oggi solo parzialmente conservate, dentro le quali si trova. E composto di un agglomerato di edifici che in due file si aprono dalla chiesa in entrambe le direzioni. Per questa ragione poterono svilupparsi in masserie carsiche di tipo chiuso solo le case alla fine delle file. Oggi prevalgono nel paese fabbricati del XIX e XX secolo. Vi si puo vedere un bel esempio di pozzo scolpito nella roccia, nel quale si raccoglie l'acqua piovana da tre case circostanti, e lo stagno del paese, che serviva da serbatoio dell'acqua piovana per abbeverare il bestiame. Fino agli anni cinquanta del XX secolo Škocjan fu noto per numerosi artigiani (tre fabbri, un carradore, un falegname, due sarti, due sarte, una levatrice, un tagliapietre e un locandiere, e fu un centro ecclesiastico con cappellania e scuola (1865–1962).

Oggi il paese e quasi deserto, ma durante la stagione la vita vi ritorna, tra l'altro con i visitatori dei due allestimenti museali permanenti. L'esposizione etnologica nel J'kopinov skedenj presenta la produzione del grano ed il suo uso nell'epoca dell'agricoltura arativa. Il fabbricato ad un piano ha la copertura in paglia di segale, il che e una peculiarita che e completamente scomparsa da questa zona. Nel ristrutturato Jurjev hlev e invece presentata la fantastica storia delle scoperte dell'intreccio delle Grotte di Škocjan dall'inizio del XIX secolo in poi. Nel cimitero del paese sono sepolti numerosi esploratori delle Grotte di Škocjan. Qui troviamo anche la tomba dell'esploratore Anton Hanke.

Nella conca sotto Škocjan, da individuali fabbricati si e sviluppato un abitato agglomerato. Secondo la tradizione orale locale della seconda meta del XIX secolo, la prima masseria a Betanja fu la masseria Betanc e durante la seguente divisione del terreno nel villaggio le spetto la parte piu grande. La tradizione dice anche che dopo la divisione gli abitanti cinsero con muri i loro poderi. Oggi a Betanja predominano fabbricati di tipo carsico, chiusi e cinti con muri di pietra, risalenti al XIX e XX secolo, con pozzo (dial. štirna) in mezzo al cortile (dial. borjač), il quale si apre all'esterno con un portale di pietra (dial. kalona). Sul fabbricato abitativo della masseria Betanc si e conservata la copertura in cosiddetti "škrli", lastre di calcare stratificato, che nel Carso sostitui la paglia essendo piu durevole e resistente al fuoco.

Al paesaggio nell'area protetta dona una speciale impronta, oltre alla chiesa di Sv. Kancijan con il suo campanile, il castello Školj, uno dei nove castelli medievali nella valle del Reka, la quale fu da sempre un confine naturale, politico e culturale tra le regioni litorali e quelle settentrionali. Školj si erge su una roccia che precipita nel fiume.