Diese Lage ist kein Zufall. Škocjan war vermutlich bereits in der Vorgeschichte, zweifelsohne aber in der Antike besiedelt. Das Dorf wurde so wie die Höhlen nach dem hl. Kanzian benannt, dem außer der hiesigen noch 22 andere Kirchen des slowenischen Kulturraums an Wasserläufen, Quellen und Flussschwinden geweiht sind. Die ursprünglich gotische Kirche wurde im 17. Jh. verbreitert und erhielt so noch zwei Seitenschiffe und ein neues Presbyterium. Der frei stehende Kirchturm aquilejischen Typs ersetzte 1858 den offenen, an der Stirnseite aufsitzenden Glockenturm. Rund um die Kirche entwickelte sich ein Haufendorf, deren Gebäude sich an eine heute teilweise erhaltene Wehrmauer anlehnten, die das Dorf umschließt. Zwei Häuserreihen öffnen sich von der Kirche auf beide Seiten. Zu geschlossenen Karsthöfen konnten sich so nur die Häuser am Ende der Reihen entwickeln. Heute überwiegen im Dorf Häuser aus dem 19. und 20. Jh. Sehenswert sind das schöne Beispiel eines in den Felsen gemeißelten Dorfbrunnens, in dem sich das Regenwasser von den Dächern der umliegenden Häuser sammelt, und ein Regenwasserbecken, das als Dorftränke diente. Bis in die 1950er Jahre war Škocjan für zahlreiche Handwerker bekannt (3 Schmiede, Wagenbauer, Tischler, 2 Schneider, 2 Näherinnen, Hebamme, Steinmetz und Gastwirt), es war kirchlicher Mittelpunkt und besaß eine Kaplanei und eine Schule (1865–1962).

Heute ist das Dorf fast leer, doch in der Saison lebt es unter anderem auch mit den Besuchern zweier Dauerausstellungen auf. Die ethnologische Sammlung im J'kopin-Speicher zeigt die Ernte von Getreide und dessen Verwendung in der Zeit des Ackerbaus. Der ebenerdige Bau ist mit Roggenstroh gedeckt und stellt eine Besonderheit dar, die aus dieser Gegend ganz verschwunden ist. Im renovierten Stall des Jur-Hofs ist die fantastische Geschichte der Entdeckung des Höhlensystems von Škocjan seit Anfang des 19. Jh. zu sehen. Zahlreiche einheimische Erforscher der Höhlen von Škocjan liegen auf dem Dorffriedhof begraben. Hier ist auch das Grab des Forschers Anton Hanke zu finden.

In der Senke unterhalb von Škocjan entwickelte sich aus einzelnen Baugliedern ein Haufendorf. Der örtlichen Überlieferung aus der zweiten Hälfte des 19. Jh. zufolge war in Betanja der Betanc-Hof der erste Bauernhof, dem bei der späteren Grundstücksteilung im Dorf der größte Anteil zufiel. Alle Dorfbewohner sollen nach der Teilung ihren Grundbesitz mit einer Mauer umgeben haben. Heute überwiegen in Betanja geschlossene, mit Steinmauern umgebene Karsthäuser aus dem 19. und 20. Jh. mit einem Brunnen in der Mitte des Innenhofs, der durch ein Steinportal zu betreten ist. Im Wohngebäude des Betanc-Hofs ist das Dach aus dauerhaften und feuerbeständigen Kalksteinplatten erhalten, die im Karst im Lauf der Zeit das Stroh ersetzte.

Die Landschaft im Schutzgebiet ist außer von der St. Kanziankirche mit ihrem Glockenturm noch von der Burg Školj geprägt, einer unter den ehemals neun mittelalterlichen Burgen im Rekatal, das als natürliche, politische und kulturelle Grenze durch die ganze Geschichte hindurch die nördlich gelegenen Gebiete von den südlichen Gebieten Primorskas trennte. Die Burg Školj steht auf einem steil zum Fluss abfallenden Felsen.