Die Höhlen wurden vom Karstfluss Reka gebildet, der den Großteil seines Wassers im undurchlässigen Flysch sammelt. Nach starken Regenfällen führt die Reka in den Höhlen Hochwasser, das gewöhnlich bis zu einer Höhe von 30 Metern reicht. Die bisher größte Überschwemmung ließ den Wasserpegel auf 132 Meter ansteigen.

Die Reka fließt von den Höhlen von Škocjan durch den karstigen Untergrund zu den etwa 35 km entfernten, auf der italienischen Seite liegenden Quellen des Timavo. Ihr Lauf ist zum Großteil unbekannt und kann nur in wenigen tiefen Schächten (bis 320 m) erreicht werden, in denen Zufluss- und Abflusssiphone eine weitere Erforschung der geheimnisvollen unterirdischen Kanäle verhindern.

Die Reka floss vermutlich vor dem Pleistozän (das Eiszeitalter dauerte rund 2 Mio. Jahre) oberirdisch vom Flysch durch die Karstlandschaft Kras zum Meer. Das Wasser begann aufgrund der Verkarstung allmählich im Untergrund zu versickern und im ersten Abschnitt der Kalksteinschichten eine Schlucht auszuhöhlen, was die Flussterrassen beweisen. Auch in den Höhlen ist eine allmähliche Verlegung der von der Reka durchflossenen Gänge nach unten zu beobachten. Die Besucher werden heute durch einige der am besten erhaltenen höheren (ältesten) Höhlenabschnitte geführt: Czoernig-Höhle, Brihta jama, Fenster, Halle der Sinterbecken, Stille Höhle. In einer etwas tiefer gelegenen (jüngeren) Etage – vermutlich versickerte die Reka damals in der Einsturzdoline Sapendol unterhalb des Dorfs Gradišèe – entstanden die Tominc-Höhle und die Schmidlhalle. Obwohl die Reka im Lauf der Zeit an verschiedenen Stellen versickerte, benutzte sie in größerer Tiefe mehr oder weniger denselben Gang – den heutigen Hankekanal, den sie immer weiter aushöhlte. Dies ist auch der Grund dafür, dass so große unterirdische Räume entstehen konnten.