La grotte a été creusée par la rivière à perte Reka qui s'alimente surtout sur les flyschs imperméables. Son débit moyen est de 8,95 m3/s, mais peut, lors de fortes inondations, atteindre jusqu’à 387 m3/s. Après de fortes précipitations, la Reka inonde dans la grotte ; le niveau des eaux peut monter jusqu’aux 30 mètres, les inondations les plus grandes ont atteint 132 mètres.

Au départ des Grottes de Škocjan, la Reka coule environ 35 kilomètres dans les courants souterrains jusqu’aux sources de la Timava en Italie. Son cours est en grande partie inconnu et ne peut être atteint que dans les rares gouffres profonds (de 320 mètres de profondeur maximum) où les siphons empêchent l’exploration des canaux souterrains mystérieux.

On suppose qu, avant le pléistocène (qui durait environ 2 millions d'années), la Reka coulait à la surface depuis sa source dans le flysch à travers le Karst vers la mer. En raison de la karstification du terrain, elle passait progressivement sous la terre en creusant une gorge dans les calcaires dont témoignent les terrasses de la rivière. Dans la grotte aussi, on peut suivre l'abaissement progressif du niveau des conduits dans lesquels coulait la Reka. Le niveau supérieur (le plus vieux) qui est le mieux préservé se situe dans la partie des grottes que les touristes peuvent voir en partie : la Grotte de Czoernig, la Grotte de Brihta, la Fenêtre – Grange de Mikl, la Salle des gours, la Grotte silencieuse. A un niveau inférieur (plus récent) – à l’époque, la Reka se perdait dans la doline en cuvette Sapendol en contrebas du village Gradišče – se sont formées la Grotte de Tominc et la Grotte de Schmidl. Bien que la Reka se perdît à différents endroits, elle coulait, dans le souterrain, pour la plupart dans le même conduit – aujourd’hui, le Canal de Hanke – en l’approfondissant, créant ainsi de vastes salles souterraines.